Cuando la sección dañada del Pentágono fue reconstruida, un pequeño monumento en el interior y la capilla fueron incluidos, situados en el punto de impacto. Para el quinto aniversario de los ataques del 11 de septiembre de 2001, 184 haces de luz brillaron desde el patio central del Pentágono, una luz para cada víctima del ataque. Además, una bandera de Estados Unidos se cuelga cada año en el lado del Pentágono dañado en los ataques, y la parte del edificio está iluminado por la noche con luces azules. Después del 11 de septiembre, se elaboraron planes para construir un monumento al aire libre, empezando la construcción en 2006. El Memorial del Pentágono, que consiste en un parque de 2 acres (8.100 m2), con 184 bancos, de acuerdo a las edades de las víctimas, del 3 al 71, se abrió al público el 11 de septiembre 2008.
Los primeros trabajadores cuyas oficinas fueron destruidas o dañadas en el ataque comenzaron a volver a sus puestos el 15 de agosto de 2002. El 11 de septiembre de 2001, un equipo de cinco secuestradores de al-Qaeda tomaron el control del vuelo 77 de American Airlines, en ruta desde el Aeropuerto Internacional Washington Dulles a Los Angeles International Airport, y deliberadamente lo estrellaron contra el Pentágono a las 09:37, como parte de los ataques del 11 de septiembre. Todas las 64 personas en el avión de pasajeros murieron, así como 125 personas que estaban en el edificio. El impacto del avión dañó gravemente la estructura del edificio y causó su hundimiento parcial. En el momento de los ataques, el Pentágono estaba en renovación y varias oficinas estaban desocupadas, resultando en menos bajas. A los contratistas que ya colaboraban con la renovación se les dio la tarea adicional de la reconstrucción de las secciones dañadas en los ataques. Este proyecto adicional fue nombrado el Proyecto Fénix, y fue responsable de la restauración de las oficinas periféricas dañadas por el ataque del 11 de septiembre de 2001.